支払期日前に買掛金を支払ったので、仕入先からその日数分に応じた仕入割引をもらいました。早期決済に伴う利息分だと思うのですが、非課税取引でしょうか？

課税取引です。 　仕入割引は利息ではなく仕入代金の返還として取り扱いますので、仕入が課税取引であれば、仕入割引も課税取引となります。 　売上割引についても同様の扱いとなります。

クレジットカードの手数料は非課税取引となるのでしょうか？

非課税取引です。 　クレジットカードで買い物した場合の手数料は割賦購入の際の利子部分と考えられますので、非課税取引となります。

クレジットカードの年会費も非課税取引でしょうか？

課税取引です。 　クレジットカードの年会費は、カードを使用できるための対価と考えられますので、役務提供の対価として課税取引となります。