保税地域から国内に商品を引き取ろうとすると、関税などと一緒に消費税も課税されます。この場合、その輸入品の対価として先方に支払う金額に５％がかかるのではなく、「関税定率法」という法律に基づいて計算した金額に消費税がかけられます。ですので極端な場合、その輸入商品の対価が０円であっても消費税がかかる可能性があるのです。

　税額自体は税関長が計算して納付するよう通知してきます。通常は「乙仲」と呼ばれる輸入代行業者（通関業者）を通じて取引しますので、その乙仲からの請求書に消費税も含まれています。最近増えている個人輸入でも、対象となれば消費税を納めなければなりません。