個人事業者が3ヶ月ごとに課税期間を短くした場合、本来１月から１２月のところ、１月〜３月、４月〜６月、７月〜９月、１０月〜１２月となります。
　５月決算の法人であれば、６月〜８月、９月〜１１月、１２月〜２月、３月〜５月となるわけです。

　課税期間を短縮すれば、課税期間ごとに確定申告が必要となります。３ヶ月ごとであれば年４回、１ヵ月ごとであれば年１２回の申告をします。

　また、例えば個人事業者が新たに７月から３ヶ月ごとに短くしようとします。すると７月からは３ヶ月ごとですが、既に過ぎている半年分はどうなるかという問題が生じます。
　この場合はその６月までの期間を一つの課税期間として取り扱い、６ヶ月間で確定申告をする必要があります。
　これはこの適用を受けるのをやめた際に生じる期間についても同様です。

　この課税期間の特例の適用を受けるためには、受けようとする期間の初日の前日までに「消費税課税期間特例選択届出書」を所轄税務署に届出る必要があります。
　この届出を提出すると、最低２年間は期間短縮の特例を適用しなければいけませんので注意が必要です。