厚生農業協同組合連合会や医療法人などの法人が、厚生労働省と地方自治体からそれぞれ受け取った補助金のうち、平成１５年までの４年間で本来戻すべき消費税分を返却していないことが会計検査院の調べで分かったそうです。

　補助金は目的である事業の費用に加え、その事業を行うにあたって付随する消費税分も含まれています。公益法人などでは会計ごとの収入に占める特定収入（補助金や租税等）の割合が5％以下であれば、納付する消費税額から特定収入にかかる消費税分を控除できます。この場合納付の必要がなくなった消費税分を、控除税額が確定した後に返却することになっています。