教科書を販売する出版社を考えます。
　　

　教科書は非課税取引ですので、販売時に消費税は預かりません。
　一方教科書を製作する際には原稿料や製本代などの原価が発生します。これらは相手が国内の事業者である限り課税取引（消費税のかかる取引）となります。

　各事業者の納税額を計算してみましょう。まず外注先は5,000円、製本業者は10,000円、仕入先は4,000円となります。

　ここで問題となるのが出版社です。今までの計算方法ですと預かった消費税０円−支払った消費税（5,000円+10,000円+4,000円）＝-19,000円となり、還付を受けることになります。

　納税される総額を考えると、5,000円+10,000円+4,000-19,000円＝0円となり、消費税は全く納められないことになります。

　消費税は最終消費者が負担する税金です。教科書を購入した消費者は非課税取引であるため負担は0円ですが、出版社は原稿や製本といったサービスや紙を消費しています。完成後の製品が非課税取引となり消費税が請求できないため、出版社が最終消費者となるのです。そのためこの出版社が消費した分は納税されなければいけません。

　出版社の納税額を計算する場合、消費税を預からない売上（非課税売上）に対応する分の支払った消費税については、出版社自身が最終消費者であるため、「預かった消費税」から「支払った消費税」を差引いて納税額を計算する際、その「支払った消費税」より除いてあげる必要があります。すると預かった消費税0円-支払った消費税0円（19,000円-19,000円）となり、納税額（還付額）0円となるのです。