個別対応方式は支払った消費税を３つに区分します。

　課税売上（免税売上含む）に対応する　支払った消費税
　非課税売上に対応する　支払った消費税
　両者に共通して対応する　支払った消費税

　は全額控除の対象とします
　は全額控除の対象から除かれます
　は、その共通して対応する支払った消費税に課税売上割合を乗じた額が控除の対象となります

合計すると
　「課税売上に対応する支払った消費税 ＋ 共通して対応する支払った消費税 × 課税売上割合」　となります。