個別対応方式により支払った消費税の控除額を計算しようとする場合、共通して対応する支払った消費税に乗じる課税売上割合について、課税割合に準ずる割合を使用することも認められています。
この割合は事業者の事業の種類などに応じて合理的に算出されたものでなければいけません。例としては従業員割合、床面積割合、取引件数割合などがあります。
課税売上割合に準ずる割合を使用する場合には所轄税務署へ申請書を提出し、税務署長の承認を受ける必要があります。またこの割合が使えるのはあくまで個別対応方式により控除額を計算しようとする場合のみで、それ以外の場合では通常の課税売上割合を使用しなければなりません。